La FNAMS fédère 46 syndicats départementaux d’agriculteurs multiplicateurs de semences (Sams) regroupés au sein de 7 unions régionales. Chaque union régionale facilite les contacts au niveau local, en lien avec les Sams, et sur le plan national. Ces instances permettent de confronter les situations de chaque département, et de mettre en place des rencontres régionales sur des thèmes syndicaux, économiques et techniques, sur chaque espèce produite dans la région.